Existe cierta controversia acerca de la fecha en la que Francisco Pizarro llegó a La Española. Mientras que la mayoría se decanta por su llegada en 1502, dentro de la flota de Nicolás de Ovando, otros sostienen que, siempre protegido por su tío Juan Pizarro, el trujillano viajó al Nuevo Mundo en 1504 en el cuarto viaje de Cristóbal Colón. Aunque el joven Francisco no participó en las conquistas y repartimientos que en ese tiempo se hicieron, su figura empezó a adoptar perfiles propios a la sombra de Alonso de Ojeda. Junto al conquense, conoció de primera mano la pugna fronteriza entre españoles. En concreto, la que enfrentó a Diego de Nicuesa, gobernador de Veragua, y al propio Ojeda, que lo era de Nueva Andalucía, territorio comprendido entre el golfo de Urabá y el cabo de la Vela.
El 10 de noviembre de 1509, rumbo a su gobernación, Ojeda dejó atrás La Española y desembarcó en la bahía de Cartagena. Allí perdió a gran parte de sus hombres y recibió un flechazo en una pierna. Entre los muertos se contó el cosmógrafo Juan de la Cosa, que había desaconsejado echar las anclas en esas latitudes, «tierra de muerte», según Gómara. Con Ojeda de regreso a la isla donde, después de innumerables peripecias, tomó los hábitos franciscanos y murió a principios de 1516, Francisco Pizarro quedó en Urabá a la espera de refuerzos. Casi dos meses después, cumplido el plazo acordado, zarpó hacia La Española. Interceptado por el bachiller Martín Fernández Enciso, socio de Ojeda, el trujillano fue obligado a regresar al fuerte de San Sebastián, que había sido arrasado por los indios. En la armada de Enciso, acompañado por su perro Leoncico, viajaba un polizón llamado Vasco Núñez de Balboa, que había llegado al Nuevo Mundo en 1501 en una de las dos carabelas de Rodrigo de Bastidas. Con él había recorrido aquellas costas. Gracias a sus indicaciones, parte de los españoles fueron al territorio del cacique Cemaco, al que Enciso, tras encomendarse a la Virgen de Nuestra Señora de la Antigua, derrotó. Después de la victoria, que dio como fruto un pequeño botín de oro, los españoles se reunieron en la que llamaron La Guardia, sobre la que Núñez de Balboa fundó Santa María de la Antigua del Darién, primera villa española en el continente.
Establecidos allí, los cristianos se dividieron en dos bandos. Aunque Enciso disponía de una cédula del rey que le daba poderes de capitán y alcalde mayor, su autoridad fue discutida por Balboa que, recogiendo el malestar de aquellos a los que les incomodaba ser mandados por un letrado, negó la provisión real y, según Gómara, añadió que «ellos no eran de Hojeda». Después de forzar la constitución de un cabildo, en el que el propioVasco quedó como alcalde junto a Martín de Zamudio, la debilidad de Enciso fue total, máxime al conocerse que, en realidad, había perdido la provisión real cuando su nave encalló en su entrada a Urabá. Mientras la figura de Enciso se debilitaba, Rodrigo Enríquez de Colmenares llegó con dos naves y socorros para Diego de Nicuesa, al que halló en Nombre de Dios, después de ascender por la costa. Al gobernador, «flaco, descolorido, medio desnudo», apenas le quedaban sesenta compañeros hambrientos y desarrapados. La aparición de Colmenares actuó como un revulsivo, hasta el punto de que Nicuesa, ante la ausencia de Ojeda, se dirigió hacia Santa María para ponerla bajo su gobernación, pues caía al oeste del golfo de Urabá. Alertados de ese movimiento, Balboa y Enciso impidieron el desembarco. El 1 de marzo de 1511, sin poder entrar en la villa, Nicuesa se dirigió a La Española, muriendo durante el naufragio de su nave. Dos meses después, el que embarcó rumbo a la isla, a bordo de la carabela de Colmenares, fue el bachiller Enciso, que luego viajó a España para informar al Consejo de Indias de las irregularidades cometidas por Núñez de Balboa. Al otro lado del océano, la real cédula dada al virrey Diego Colón el 25 de julio de ese 1511, en la que recomendaba el envío a La Española de gente de la Montaña y de Guipúzcoa y se habilitaban auxilios para Nicuesa y Ojeda, llegó tarde para estos últimos. Establecido en una Santa María regida por Núñez de Balboa, Francisco Pizarro quedó desvinculado del último lazo que le unía a Alonso de Ojeda.
Convertido en señor del Darién, Núñez de Balboa, a la cabeza de ciento treinta hombres, prendió al cacique Careta y le ofreció protección contra su enemigo Ponca a cambio de alimentos. Bautizado como Fernando en honor al rey católico, el cacique le entregó a su hija Anayansi que, con trece años, se convirtió en amante del español. Derrotado Ponca, Balboa se dirigió al territorio del cacique de Comogre, que lo recibió pacíficamente y se bautizó como Carlos, en honor al príncipe de Castilla. Después de entregarle setenta esclavos y oro, aquel señor le dijo que fuera a Tubanama para obtener más metal precioso y le habló de otro mar en el que desembocaban ríos que contenían abundantes pepitas de oro. Testigo de todo aquello, Francisco Pizarro tomó, sin duda, buena nota de cómo actuar dentro del mosaico de tribus, a menudo enfrentadas, en el que se hallaba. A su regreso a Santa María, Núñez de Balboa se enteró de su nombramiento, por parte de Diego Colón, como gobernador interino del Darién. Revestido de ese poder, en lugar de dirigirse hacia donde le había indicado el cacique, se adentró en la provincia de Urabá, acaso pensando hallar también allí las aguas del nuevo mar. Con ciento sesenta hombres y Rodrigo de Colmenares como lugarteniente, Núñez de Balboa se embarcó en un bergantín, al que acompañó una flotilla de canoas. Con estas embarcaciones costeó el golfo y desembarcó en Urabá. Después, penetró en la provincia de Ceracana y subió por el que llamaron río Negro hasta dar con la tribu del cacique Albanumaque, que le habló de un lugar donde los hombres cogían pepitas de oro del tamaño de naranjas. Este lugar, que prefiguraba el mítico El Dorado, se llamaba Dabaibe.11 La rebelión india que se fraguó a su espalda, obligó a Balboa a regresar a Santa María.
Después de recibir refuerzos desde La Española, mientras Colmenares le desacreditaba en España, Balboa decidió ir en busca del anunciado mar. El 1 de septiembre de 1513, a bordo de un pequeño barco y nueve canoas, partió del puerto de Santa María con ciento noventa hombres y un buen número de indios amigos. En Puerto Careta dejó más de la mitad y siguió con noventa y dos soldados y dos sacerdotes. En la mañana del 25 de septiembre,Vasco Núñez de Balboa se adelantó a su hueste y coronó una cima desde la que contempló el océano Pacífico, al que se le dio el nombre de Mar del Sur. Después, hizo llamar a sus hombres, movió piedras, cortó ramas y grabó el nombre de los reyes Fernando y Juana en el tronco de unos árboles. Andrés de Valderrábano anotó el nombre de los sesenta y siete españoles presentes. Entre ellos estaba Francisco Pizarro, teniente de la expedición. Cuatro jornadas después, el día de san Miguel, luego de reunir a algunos rezagados, Núñez de Balboa, junto a veintiséis españoles que lucieron sus mejores galas, tomó posesión de aquellas saladas aguas con el pendón de Castilla en una mano y la espada en otra.Valderrábano, que dio fe del acto, escribió el nombre de todos los presentes, nuevamente encabezados por Balboa y Pizarro. Asentados en aquella tierra, rica en perlas, los barbudos tuvieron las primeras noticias de la existencia de un rico reino situado al sur. A su regreso, Balboa supo que el rey había nombrado un nuevo gobernador para el Darién, por lo que se apresuró a dar noticia a la Corte de su descubrimiento y a pedir la gobernación de la Mar del Sur.
Mientras tanto, en España, la anulación, en el verano de 1513, de una expedición militar con destino a Nápoles al mando de Gonzalo Fernández de Córdoba hizo que soldados, hidalgos y nobles pusieran sus ojos en el Nuevo Mundo y se concentraran en Sevilla. Algunos de ellos formaron parte de la gran expedición capitaneada por el veterano Pedro Arias de Ávila —también conocido como Pedrarias, el Galán o el Justador—, compuesta por veintidós buques, a bordo de los cuales viajaron mil doscientos cincuenta soldados y un número indeterminado de mujeres y niños. Entre la tripulación, además de labriegos y misioneros destinados a poblar, iban los que se convertirían en descubridores y conquistadores de nuevas tierras. En la armada viajaron Pascual de Andagoya, Hernando de Soto, Sebastián de Benalcázar, Bernal Díaz del Castillo, Diego de Almagro y Hernando de Luque. También lo hizo, en calidad de veedor de minas y fundiciones, Gonzalo Fernández de Oviedo, que se convirtió en uno de los principales cronistas del Nuevo Mundo. Como tantos otros, Oviedo trató de encajar la existencia de aquellas tierras y hombres, así como los poderes que sobre ellos tenía el soberano español, dentro de unos quicios más legendarios que históricos. Según afirmó Herrera en su Historia general de las Indias, Gonzalo Fernández de Oviedo llegó a escribir al rey diciéndole que La Española y las islas aledañas habían sido poseídas por el rey Héspero, duodécimo rey de España contando desde el bíblico Túbal. El mismo Oviedo, en su Historia general y natural de las Indias sostuvo, apoyándose en el historiador griego Beroso, que las Indias eran las legendarias islas Hespérides. Junto a los pertrechos y los animales que se embarcaron en Sanlúcar con tan distinguidos viajeros, también lo hizo el requerimiento confeccionado por el doctor Juan López de Palacios Rubios. El documento se leyó por primera vez en Santa Marta, lugar donde perdió la vida el montañés Hernando del Arroyo, herido por una flecha enherbolada. Con todo preparado, la flota se hizo a la mar en Sanlúcar el 11 de abril de 1514. Entre las instrucciones dadas a Pedrarias, al que se entregó una copia del Tratado de Tordesillas por haber tenido noticia de la navegación de naves portuguesas cerca de Tierra Firme, estaba la de investigar las acciones de Núñez de Balboa,12 orden que, tras el testimonio de Enciso, se elevó a la de prenderle y secuestrar sus bienes. Las noticias que Balboa trasladó a la Corte acerca de la abundancia de oro, unidas a la del descubrimiento del Mar del Sur, atenuaron, sin embargo, el inicial rigor del rey Fernando para con quien, hasta entonces, consideraba un rebelde. Sus buenas relaciones con algunos oficiales del rey, junto a las cartas que envió a la Corte, ofrecieron la imagen de un conquistador pactista, incluso pacífico.
Tras cruzar el Atlántico y hacer una escala en la isla Dominica, Pedrarias saltó a tierra en el puerto de Santa María el 30 de junio de 1514. El Galán entró en Santa María de la Antigua con gran boato. Bajo palio, lo acompañaba Juan de Quevedo, obispo de Tierra Firme.Al verlos,Vasco Núñez de Balboa, que se hallaba reparando un tejado, salió a su encuentro mal vestido. Esta imagen, entre otras, sirvió para enfrentar el retrato de un opulento Pedrarias y un humilde Balboa que, sin dudar, colocó las credenciales reales sobre su cabeza en señal de acatamiento.Ya en Santa María, a pesar del cuidado con el que se había preparado el viaje, costeado, en gran medida, por Fernando el Católico, las provisiones comenzaron a escasear. En un mes, según contó Pascual de Andagoya, a pesar de que en la expedición fueron un médico, un cirujano y un boticario, murieron setecientos hombres «de hambre y de enfermedad de modorra». El propio Pedrarias también enfermó, sufriendo constantes recaídas. La situación en el Darién, rebautizado por el rey Fernando como la Castilla del Oro, era catastrófica, lo cual derivó en maltrato de los naturales. Por su parte, Pedrarias y Balboa enviaban cartas al rey en las que se lanzaban duras acusaciones.
El 20 de marzo de 1515 llegó el nombramiento real de Núñez de Balboa como adelantado de la Mar del Sur y gobernador de Panamá y Coiba. Aunque, según las instrucciones recibidas,Vasco Núñez estaba sujeto a Pedrarias, pronto surgió una gran rivalidad entre ambos, pues el jerezano pretendía poblar sus gobernaciones para, desde allí, navegar hacia el sur en busca de la Especiería o de un paso que conectara los dos mares. La primera expedición de Núñez de Balboa como adelantado, rumbo a Dabaibe, la hizo al frente de ciento noventa hombres que embarcaron en un bergantín y dos naves. El resultado fue un absoluto fracaso. A esta entrada le siguió la encabezada por el propio Pedrarias, que dio como resultado la fundación de Acla, en la que construyó un fuerte. En su ausencia, Balboa mandó llamar a españoles asentados en Cuba y La Española, hecho que Pedrarias interpretó como un intento de rebelión, por lo que arrestó a Balboa.Tratando de diluir esa enemistad, el obispo Juan de Quevedo casó al jerezano con doña María de Peñalosa, hija de Pedrarias, que permanecía en un monasterio de Castilla. El acuerdo matrimonial buscaba la pacificación del Darién. En este contexto, en noviembre de 1516, Pedrarias mandó a su yerno a Acla al mando de trescientos hombres más los sesenta llegados de las islas y millares de nativos. En Acla, Balboa fundó la Compañía de la Mar del Sur, precedente de la que unió a Francisco Pizarro y a Diego de Almagro años después. Junto a la desembocadura del río de las Balsas, el jerezano construyó un astillero para fabricar las naves, que fueron destruidas por una crecida fluvial. Una vez reparadas, Balboa se echó al mar. En su travesía llegó hasta el que llamó Puerto Peñas, al confundir las ballenas que allí había con rocas. Ese enclave fue el que Pizarro bautizó años después como Puerto Piñas. A su regreso,Vasco Núñez supo que la Corte había decidido sustituir a Pedrarias por un nuevo gobernador: Lope de Sosa.
En la flota que traía a Lope de Sosa, que falleció antes de llegar a su destino, viajaba Gonzalo Fernández de Oviedo, que regresaba de España después de enfrentarse a fray Bartolomé de las Casas. Ambos trataban de desarrollar diferentes proyectos de implantación hispana, para los cuales recibieron sendas gobernaciones. Oviedo obtuvo la de Santa Marta, donde pensaba sujetar a los españoles a la tierra fundando pueblos, objetivo para el que solicitó, sin éxito, la concesión de cien hábitos de Santiago para los hijosdalgo que allí se establecieran. Las Casas, por su parte, ligado a un modelo teocrático que fracasó estrepitosamente, recibió la gobernación de Cumaná. En busca de una mejor tierra, Pedrarias fundó la ciudad de Nuestra Señora de la Asunción de Panamá el 15 de agosto de 1519, quedando Fernández de Oviedo en Santa María de la Antigua. Allí fue gravemente herido por quien se supuso que era un sicario de Pedrarias. Recuperado de sus lesiones, después de superar el juicio de residencia al que fue sometido, regresó a España en 1523 y fue recibido por el rey Carlos.
Desde la costa, Balboa envió a sus fieles a Acla para entrar de noche y conocer quién ostentaba realmente el poder. Uno de ellos, Andrés Garavito, al ser detenido, confesó el doble juego del adelantado. El jerezano pretendía que, en el caso de que Pedrarias hubiera sido reemplazado, sus enviados regresaran diciendo que lo habían nombrado gobernador. La muerte de Sosa truncó el plan. Enterado de esas maniobras, Pedrarias escribió a Balboa pidiéndole que acudiera a Acla. Una vez allí, fue encarcelado. Acusado de intento de rebelión contra Pedrarias y la Corona —cargos a los que se unieron los excesos cometidos contra Nicuesa, Ojeda y Enciso—, Vasco Núñez de Balboa fue sentenciado a muerte. Según refiere Bethany Aram,13 el 28 de diciembre de 1518, a tan graves acusaciones, se añadieron los testimonios de Beltrán de Guevara, Rojel de Loria, Diego de la Tobilla, Jorge de Espinosa y Diego Rodríguez, que solicitaron que la expedición continuase sin Balboa, quien había tratado de retenerlos por la fuerza en virtud de su cargo de gobernador. Los declarantes pedían aprovechar los meses de verano para poder navegar y recuperar su inversión. La nueva expedición debía capitanearla Gaspar de Espinosa. En enero de 1519,Vasco Núñez de Balboa fue decapitado junto a Fernando de Argüello, Luis Botello, Hernández Muñoz y Andrés de Valderrábano. Francisco Pizarro, que había hecho una entrada en las tierras de los caciques Turny y Guajanica un año antes, fue testigo de aquellas ejecuciones que Pedrarias contempló a través de las cañas del bohío en el que se ocultó. De hecho, el de Trujillo participó en el arresto del jerezano que, al verlo, le dijo: «No solíais vos antes salir así a recibirme». Pizarro se excusó respondiendo que recibía órdenes. El rastreo documental realizado por Aram no localizó ningún testimonio abiertamente favorable a Balboa, por lo que la actitud de Pizarro no constituye una excepción.
Ejecutado Balboa, Pedrarias tomó de nuevo posesión del Mar del Sur en una ceremonia en la que llevó una bandera blanca con la imagen de la Virgen y un pendón rojo con el escudo real. En la orilla, bajo el sonido de las trompetas, Pedrarias cortó ramas, clavó una cruz, entró en el mar y navegó por él. Entre el puñado de hombres que presenció esa escena cargada de simbolismo, estuvo Francisco Pizarro, que juró obediencia al rey Carlos, a la reina Juana, a Pedrarias y a quien le sucediera en la gobernación de la tierra. Dos días después, la ceremonia se repitió en la isla de las Flores, a cuyo cacique,Terarique, una vez bautizado, se le entregó la bandera real. Tres años más tarde, en la ciudad de Panamá, el trujillano fue requerido por Pedrarias para revisar las encomiendas concedidas. La confianza depositada en Pizarro demuestra hasta qué punto, en contraste con algunas de las imágenes que se han construido sobre él, era considerado un hombre con dotes de gobierno.